Töötaja õigusi on kirjeldatud paljudes õigusaktides. Eestis valitseb põhimõte, et töötaja on töösuhte nõrgem pool. Töötaja töötingimused on riigi kontrolli all, s.t töötajal on alati õigus pöörduda oma õiguste kaitseks tööinspektsiooni poole. Rasedatel ja last kasvatavatel vanematel on eriõigused.

Töötaja peab täitma seaduses, kollektiiv- ja töölepingus ettenähtud kohustusi, s.t tegema kokkulepitud tööd, täitma tööandja korraldusi ja pidama kinni kokkulepitud tööajast. Töösuhet reguleerivad töölepingu seadus, avaliku teenistuse seadus ja avaliku teenistuse eriseadused.

Töölepingu seaduses on täiendatud nii töötaja kui ka tööandja kohustusi vastastikustes suhetes.
Töötajal on:

  • hoolsuskohustus,
  • teiste töötajatega koostöö kohustus,
  • enesetäiendamise kohustus,
  • tööandja teavitamise kohustus, s.t teavitab tööandjat kõigist töösuhtega seonduvatest olulistest asjaoludest, mille vastu tööandjal on õigustatud huvi,
  • tööandja maine kahjustamise ja partnerite usaldamatuse põhjustamise keeld.

Tööandjal on:

  • kohustus tagada töötajale tööalaste teadmiste ja oskuste arendamiseks tööandja huvidest lähtuv koolitus,
  • tagada töötervishoiu ja tööohutuse nõuetele vastavad töötingimused,
  • austada töötaja privaatsust,
  • kontrollida töökohustuste täitmist viisil, mis ei riku töötaja põhiõigusi.

Lisaks on tööandjal teavitamiskohustus: teavitada tähtajalise töölepinguga töötajaid nende teadmistele ja oskustele vastavatest vabadest töökohtadest, kus töötamiseks on võimalik sõlmida tähtajatu tööleping, ning täistööajaga töötajat osalise tööajaga töötamise võimalusest ning osalise tööajaga töötajat täistööajaga töötamise võimalusest, arvestades töötaja teadmisi ja oskusi.

Kui riigiteenistujate õigused, kohustused ja soodustused on sätestatud seadustes, siis töölepingu alusel töötajad võivad oma töölepingus alati leppida kokku lisasoodustusi. Töölepingus sätestatakse töökohaga seotud tingimused: tööaeg, töötasu, soodustused, võimalikud täiendavad tasud, töötasu maksmise kuupäev, pikendatud puhkus jne. Töötajate töökohustused on üldjuhul sätestatud ametijuhendites, samuti asutuse töökorralduse eeskirjas. Peale töölepingu võib asutuses olla ka kollektiivleping – vabatahtlik töötajate ja tööandjate kokkulepe, kus on kirjas vastastikused õigused ja kohustused.